Trường Đại học Hồng Đức được thành lập theo Quyết định số 797/TTg, ngày 24/9/1997 của Thủ tướng Chính phủ. Cùng với việc ra đời của nhà trường, các tổ chức trong hệ thống chính trị của nhà trường cũng được thành lập. 

     Đoàn TNCS Hồ Chí Minh trường Đại học Hồng Đức được thành lập theo Quyết định số: 157/QĐ-ĐTN, ngày 29 tháng 12 năm 1997 của BCH Tỉnh Đoàn Thanh Hoá.

     Từ khi được thành lập, Đoàn trường đã luôn bám sát sự chỉ đạo của BTV Tỉnh đoàn Thanh Hoá, Ban thường vụ Đảng uỷ nhà trường; Đoàn trường đã sớm khắc phục những khó khăn, nhanh chóng ổn định tư tưởng, tổ chức, bộ máy;  đẩy mạnh các nội dung và hình thức hoạt động; thực hiện nghị quyết của Đảng, chính sách, pháp luật của Nhà nước, chủ trương của Đoàn cấp trên, cụ thể hoá thành kế hoạch, nội dung chương trình hành động, được triển khai sâu rộng và toàn diện trong hệ thống tổ chức Đoàn và đoàn viên thanh niên. Hoạt động Đoàn đã thu hút, tập hợp, cổ vũ đoàn viên thanh niên cán bộ giảng dạy, HSSV học tập, NCKH, lao động sáng tạo, hoạt động xã hội đã góp phần nâng cao chất lượng đào tạo toàn diện của trường,  xây dựng nhà trường ổn định và phát triển.

     Về cơ cấu tổ chức, BCH Đoàn trường khóa X, nhiệm kỳ 2022-2024 có 25 Ủy viên, trong đó có 07 đồng chí UV Ban Thường vụ, 01 Bí thư. Văn phòng Đoàn trường có 02 cán bộ Chuyên trách.

Hiện nay, Đoàn trường Đại học Hồng Đức có hơn 5.000 đoàn viên thanh niên, sinh hoạt tại 12 Liên chi đoàn và 03 chi đoàn trực thuộc. Trong các năm qua tuổi trẻ nhà trường luôn đạt thành tích xuất sắc, được Thủ tướng Chính phủ tặng Bằng khen; liên tục được BCH Trung ương Đoàn TNCS Hồ Chí Minh Bằng khen công nhận đơn vị đơn vị dẫn đầu phong trào thi đua cấp tỉnh khối Đại học, Cao đẳng và Trung học chuyên nghiệp; đã có nhiều đoàn viên, sinh viên tham gia đoạt giải kỳ thi quốc gia; nhiều sinh viên tốt nghiệp loại khá và giỏi, xuất sắc; đặc biệt đã giới thiệu cho Đảng uỷ kết nạp hàng trăm đoàn viên ưu tú vào Đảng Cộng sản Việt Nam.